- ¿Podrías contarnos un poco sobre tu trayectoria y qué te motivó a solicitar y aceptar esta beca posdoctoral con Fight CRC y Tempus?
Me saqué el doctorado en Biología y Ciencias
es en la Universidad de California en San Diego, donde mis compañeros y yo descubrimos un mecanismo por el que las células tumorales ARID1A pueden hacer que respondan mejor a la inmunoterapia. Esta investigación dio una explicación mecánica a los estudios anteriores que las mutaciones en el gen ARID1A eran más frecuentes en pacientes que respondían bien a la inmunoterapia para ciertos tipos de cáncer, y sentó las bases para el desarrollo de nuevas terapias combinadas con el potencial de aumentar la eficacia de la inmunoterapia.
Para mi beca posdoctoral, decidí centrarme en la investigación en oncología de precisión con el objetivo de desarrollar nuevos biomarcadores que puedan orientar mejor la elección del tratamiento para los pacientes con cáncer. Tempus ha creado una de las bases de datos sobre cáncer colorrectal (CCR) más grandes del mundo —si no la mayor— que combina perfiles moleculares con datos sobre el tratamiento y los resultados de los pacientes, lo que convierte a Tempus en el lugar perfecto para investigar la oncología de precisión en el CCR. Acepté esta beca tanto por la oportunidad de trabajar con la amplia base de datos sobre el CCR de Tempus como para unirme a un equipo de científicos de primer nivel reunido por Tempus y FightCRC, con experiencia en biología computacional del cáncer, aprendizaje automático y atención clínica del CCR.
2. ¿Cuál es el objetivo principal de tu proyecto de investigación durante esta beca? ¿Cómo te ha ayudado a avanzar en tu trabajo el hecho de trabajar con los datos y recursos de Tempus?
Mi principal línea de investigación es estudiar los mecanismos de resistencia terapéutica en el cáncer colorrectal metastásico. Por ejemplo, estamos investigando cómo el cáncer colorrectal metastásico con estabilidad de microsatélites (MSS) desarrolla resistencia a la quimioterapia combinada con tratamientos anti-VEGF o anti-EGFR. Esta investigación es importante porque podría permitirnos desarrollar biomarcadores capaces de predecir con antelación qué pacientes son propensos a desarrollar resistencia, y tiene el potencial de contribuir al desarrollo de nuevos enfoques terapéuticos con mayor eficacia.
Las ventajas más importantes de trabajar con la base de datos de Tempus para mi trabajo son que integra varios tipos de datos, como perfiles moleculares y datos de resultados, cuenta con una muestra muy amplia de pacientes con cáncer de colon y recto, y está bien organizada y mantenida por profesionales.
Avances y conclusiones
3. ¿Cuáles son algunas de las primeras conclusiones o ideas que has sacado de tu investigación hasta ahora? ¿Algún descubrimiento sorprendente o algún reto con los que te has?
En nuestro proyecto, en el que investigamos cómo los pacientes con CCR metastásico MSS desarrollan resistencia a la quimioterapia combinada con terapia anti-EGFR, hemos observado que los CCR adquieren tanto mutaciones bien estudiadas como menos conocidas tras el tratamiento anti-EGFR. El observación de las mutaciones de resistencia adquirida menos conocidas de resistencia adquirida son hallazgos preliminares interesantes que seguimos investigando para ver si pueden ser útiles a la hora de orientar la atención clínica.
4. ¿Cómo crees que tu investigación contribuirá al campo más amplio de la investigación sobre el cáncer colorrectal?
Espero que nuestra investigación inspire nuevas líneas de investigación en este campo sobre la selección de tratamientos para el cáncer colorrectal y el desarrollo terapéutico. También estamos empezando a aportar a la comunidad científica dedicada al cáncer colorrectal al estableciendo colaboraciones con otros investigadores del sector en temas como la subtipificación molecular de las metástasis hepáticas del CCR y la predicción de los lugares de metástasis a partir de CCR en fase temprana.
Impacto de los datos
5. Has mencionado que Tempus ha creado una de las mayores bases de datos sobre el cáncer de colon y recto (CRC) del mundo, si no la mayor. ¿Qué tipos de biomarcadores e información de pacientes se pueden analizar en este conjunto de datos?
Los datos de Tempus incluyen perfiles moleculares que nos permiten incorporar en nuestros análisis importantes biomarcadores del CCR, como el estado MSI/MSS, las mutaciones en KRAS, las mutaciones en BRAF y las fusiones de genes de quinasa (por ejemplo, NTRK/ALK/FGFR). También podemos clasificar los tumores de CCR según sus perfiles de expresión de ARN en subtipos moleculares de consenso (CMS) del CCR, que se han relacionado con el resultado del paciente. Los datos de Tempus también incluyen características clínicas como el estadio del tumor, la localización del tumor, el lado afectado, la edad, el sexo y el origen étnico. En conjunto, estos datos nos permiten diseñar estudios de investigación muy detallados y clínicamente relevantes.
6. Al analizar un conjunto de datos tan grande como el de Tempus, ¿qué tipo de patrones o conclusiones que se están que quizá no se vean en conjuntos de datos más pequeños?
Una ventaja de trabajar con grandes conjuntos de datos, como el de Tempus, es que puedes descubrir patrones poco comunes en los datos y estar seguro de que son reales. En contraste, esos mismos patrones poco comunes en conjuntos de datos más pequeños pueden pasarse por alto o considerarse ruido estadístico durante el análisis debido al tamaño limitado de la muestra. Para algunos de nuestros futuros trabajos sobre resistencia a regímenes específicos de quimioterapia en el CCR MSS metastásico, planteo la hipótesis que podamos encontrar patrones poco comunes que sean reales y significativos para la atención al paciente, pero que no serían visibles en conjuntos de datos más pequeños.
Vínculo con los pacientes y la comunidad
7. ¿Cómo se traduce tu investigación en un posible impacto para los pacientes y sus cuidadores?
Hay dos áreas principales en las que esto podría tener un impacto positivo para los pacientes y sus familias. La primera es ofrecer una mejor orientación en los momentos clave de la toma de decisiones durante el tratamiento del paciente. Por ejemplo, si conseguimos desarrollar un modelo de aprendizaje automático que prediga una baja probabilidad de obtener beneficios con un tratamiento estándar, los médicos podrán ajustar su estrategia terapéutica hacia opciones que puedan resultar más prometedoras. La segunda es el desarrollo de regímenes terapéuticos más eficaces. Si nuestra investigación logra descubrir por qué algunos cánceres de colon y recto son resistentes a la terapia , esto podría sentar las bases para desarrollar regímenes terapéuticos más eficaces dirigidos a los mecanismos que utilizan los CCR para volverse resistentes al tratamiento.
8. ¿Has tenido la oportunidad de relacionarte con la comunidad de pacientes de Fight CRC? Si es así, ¿cómo ha influido eso en tu forma de ver las cosas?
Sí, tuve la oportunidad de reunirme con la defensores de la investigación de FightCRC para compartir parte de mi investigación y escuchar sus puntos de vista como supervivientes y cuidadores. Conocer mejor la perspectiva de la comunidad de pacientes con CCR me ha ayudado a entender mejor cómo es la atención clínica desde el punto de vista del paciente y me sirve de motivación para seguir avanzando a pesar de los contratiempos, que son inevitables en la investigación científica.
Colaboración y apoyo
9. ¿Cómo ha contribuido la colaboración entre Fight CRC y Tempus a que tu investigación haya sido posible?
La oportunidad de estudiar la base de datos de Tempus sobre muestras de pacientes con CCR me ha permitido abordar varias cuestiones de investigación de gran relevancia, algo que solo ha sido posible gracias a la financiación de FightCRC. Esta colaboración también reúne a científicos de primer nivel que ayudan a asesorar mi investigación con experiencia en biología computacional del cáncer y aprendizaje automático en Tempus y los investigadores de con experiencia en la atención clínica del cáncer colorrectal. Por supuesto, estoy parcial pero creo es una colaboración genial para impulsar la investigación sobre el CCR.
10. ¿Qué supone este tipo de ayuda económica continuada para un investigador que está empezando su carrera, como tú?
Contar con una ayuda económica constante significa que podemos abordar grandes cuestiones que requieren tiempo para tratarlas como es debido. También significa que puedo dedicar más tiempo a la investigación en lugar de estar continuamente solicitar financiación , lo cual lleva muchísimo tiempo.
Mirando hacia el futuro
11. Ahora que este año de beca llega a su fin, ¿qué esperas de las próximas etapas de tu investigación?
Espero que podamos seguir avanzando en la investigación sobre oncología de precisión para el cáncer colorrectal metastásico, presentar nuestros resultados en congresos y publicar trabajos que consideremos sólidos y relevantes, para que puedan llegar a toda la comunidad científica. También también tengo muchas ganas de investigar algunas nuevas ideas relacionadas con el descubrimiento de dianas terapéuticas que sirvan de base para el desarrollo de nuevos tratamientos para el CCR MSS y con la predicción de los sitios de metástasis a partir de tumores primarios de CCR en fase temprana, lo cual podría tener una importante utilidad clínica.
12. ¿Qué consejo les darías a otros jóvenes científicos que estén pensando en dedicarse a la investigación sobre el cáncer?
Mi consejo sería que intentaras que te adentres en el mundo de la investigación por tu cuenta, ya sea uniéndote a un laboratorio de investigación durante la universidad, si tienes la oportunidad, o solicitando prácticas de investigación de verano (por ejemplo, las SURF financiadas por los NIH o las REU financiadas por la NSF). Es importante averiguar si te apasiona la investigación a través de la experiencia de primera mano, ya que la investigación está llena de fracasos y contratiempos , así que la pasión por lo que haces es clave para superar esos contratiempos y seguir avanzando. Si descubres que te gusta la investigación, sigue adquiriendo más experiencia en investigación, porque la experiencia que adquieras es acumulativa y hay mucho que aprender. La investigación sobre el cáncer no es un trabajo fácil, pero es uno de los campos más estimulantes intelectualmente a los que cualquiera puede dedicarse y resulta muy gratificante porque trabajas con el objetivo de tener un impacto positivo en los pacientes.